1897. április 11-én született Bécs XIII. kerületében. Szülei: Franz Kern - Anna. A keresztségben a Franz Alexander nevet kapta. Két nővére van.
1908-1915: kisszemináriumi növendék.
1912. április 21: szüzességi örökfogadalmat tesz és belép Szent Ferenc harmadrendjébe.
1915. október 15: miután leteszi a hadiérettségit, bevonul önkéntes katonának. Kiképzése után az 59. gyalogezred tágjaként a déli frontra vezénylik.
1916. szeptember 14.: súlyosan megsebesül: tüdőlövés, májsérülés. Mivel gyógyulása hosszantartó, felmentik a katonai szolgálat alól, és hadnagyi rangban leszerelik.
1917: megkezdi teológiai tanulmányait a bécsi egyházmegyei szemináriumban.
1918: újra behívják katonának és a háború végéig ott szolgál alakulatánál.
Ekkor történt, hogy Isidor Bogdan Zahradnik premontrei kanonok kilépett a prágai Strahovi monostorból, ahol 1627 óta érckoporsóban őrzik a rendalapító Szent Norbert ereklyéit. De kilépett a katolikus egyházból is és a papokat arra szervezte, hogyszakadjanak el Rómától. Bécsben is toborzó beszédeket tartott. Franz Kern szeminaristát ez az esemény mélyen megrendítette.
Lelkében hívást érzett arra, hogy a bukott pap helyébe lépjen és az Egyháznak okozott botrányokért, lelki károkért vezeklő életet vállaljon és maga is engesztelő áldozattá váljon.
1920: belépett az ausztriai Geras-i premontrei monostorba, ahol
1921: letette az egyszerű fogadalmat.
1922. július 23.: pappá szentelték felmentéssel, mert még nem volt örök fogadalmas.
Az isteni Gondviselés még két papi évet engedett neki. Egy évig volt káplán. A hívek nagyon szerették. Buzgóságával, példás papi életével sokak számára életre szóló hatást gyakorolt.
Háborús sérüléseinek súlyos következményei lettek: tüdőgennyesedés és más komplikációk miatt kórházba került, ahol sokat szenvedett. Többször került sor műtétre, de azok sem segítettek. A belső vigasztalás hiánya miatt lélekben is sok fájdalmat élt át: mindezt panasz nélkül tűrte abban a tudatban, hogy életét engesztelő áldozat gyanánt ajánlotta fel Istennek.
1924. október 20-án halt meg. Korábban erre a napra tűzték ki az örökfogadalom letételének időpontját. Örökfogadalom helyett mennyei születésnapja lett.
1956. szeptember 30.: megindították a boldoggá avatási eljárást, mely 1997. július 7-én zárult. Miután a közbenjárására bekövetkezett csodás gyógyulást hivatalosan is elismerték, sor kerülhetett a boldoggá avatásra.
1998. június 21-én vasárnap délelőtt Bécsben a Hősök terén tartott ünnepi szentmise keretében II. János Pál pápa, Jakob Kern premontrei szerzetest - két másik jelölttel együtt - a boldogok sorába iktatta.
Hermenegild Noyens a premontrei rend generális apátja az ünnepi eseményt bejelentő levelében ezeket írja Jakob Kern-ről: "Már ifjúkora óta kitűntimádságos lelkületével, a legszentebb Oltáriszentség iránti tiszteletével és az Egyház iránti szeretetével. A papi szolgálatot, erejét meghaladó módon gyakorolta, a szentmisében nemcsak Krisztus eucharisztikus áldozatát mutatta be, hanem Vele egyesülve, szenvedéseivel, fájdalmaival önmagát is áldozatul felajánlotta."